Музей-заповедник
Основными жилыми зданиями в монастыре служили два длинных корпуса, смыкающиеся под прямым углом с северной стороны от собора: семинарский корпус, идущий вдоль крепостной стены, и перпендикулярный ему корпус келий. Семинарский корпус строился в XVII, XVIII вв. и был почтя полностью перестроен в XIX в. Длинный двухэтажный корпус монастырских келий довольно хорошо сохранился как образец гражданской архитектуры XVII в. и недавно (1959—1963) был реставрирован. В настоящее время в обоих этих корпусах размещены экспозиции музея, который за свою вековую историю неоднократно реорганизовывался и теперь именуется Государственным Ярославо-Ростовским историко-архитектурным и художественным музеем-заповедником. Не станем излагать содержание экспозиций музея, отметим лишь некоторые его особенности.
Это один из крупнейших, богатейших и интереснейших музеев не только на Волге, но и во всей стране. Среди его экспонатов — уникальная коллекция русской иконописи, начиная с древнейших образцов. Художественный отдел музея располагает некоторыми шедеврами мировой славы. Именно здесь находится, например, «Портрет Неизвестной» Крамского (который иногда путают с его же картиной «Незнакомка»). Тут много полотен знаменитых русских художников-передвижников и очень интересное собрание работ советских живописцев. Среди скульптур исключительный интерес представляют «Ярослав Мудрый» М.М. Антокольского и «Голова Пушкина» работы А.М. Опекушина, автора памятника А.С. Пушкину в Москве. Александр Михайлович Опекушин (1838—1923) родился в крестьянской семье в селе Рыбницы (по другим источникам, в деревне Свечкино), неподалеку от Ярославля. Здесь можно увидеть также произведения А. К. Саврасова (1830—1897), чья картина «Грачи прилетели», исключительно тонко передающая прелесть русского пейзажа, стала хрестоматийной. Эта и некоторые другие картины были написаны художником во время его пребывания в Ярославле в 1870—1871 гг.
Отдел природы музея занимает настоятельские покои. Он заслуженно считается образцовым. На протяжении более трех десятилетий здесь работал замечательный энтузиаст природоведения и музейного дела, участник многих экспедиций, превосходный препаратор, скульптор и художник, автор интересных краеведческих книг Николай Васильевич Кузнецов (1902—1958). Его великолепные диорамы, достоверно воспроизводящие картины родной природы, не только служат превосходным наглядным пособием, но и доставляют эстетическое наслаждение. Н.В. Кузнецова приглашали для оформления музеев в Москву, Казань и другие города. Его жизни и деятельности посвящена специальная мемориальная комната.